Подземное русло реки и являет собой Лысанскую пещеру, ее устье расположено на высоте 682,8 метров. Это горизонтальная двухэтажная система, выработанная подземными потоками. Попасть внутрь можно лишь в зимнее время, когда количество воды в реке минимально, вход в грот пересыхает, а дно леденеет; летом проникновение возможно лишь на 30 метров.
Нижний этаж пещеры - во власти подземного ручья, зимой он разгружается сбоку от портала, а в теплое время года течет и через него. Это делает пещеру труднодоступной летом и весной - за входом образуется сифон, что предполагает погружение с аквалангом и преодоление сильного течения. Для попадания в галереи нижнего этажа акваланг пригодится тоже, поскольку препятствием на пути станет второй сифон. Бытует мнение, что пещера гидрологически связана с рекой Павловкой, в которую впадает ручей Лысан. В 40 метрах от входа начинается обводненная местность, и чтобы миновать этот участок пути понадобится специальное снаряжение — водозащитные костюмы, надувные лодки.
Подземный поток не раз менял направление течения за тысячи лет существования. Этот факт подтверждает обнаружение системы покинутых рекой каналов, обратившихся сухими пещерными галереями. В основной из них, параллельной сегодняшнему руслу, встречаются белоснежные натечные образования, застывшие небольшими озерами, обрамленными кальцитом. Верхний этаж, длина которого около 700 метров, почти сухой, здесь находится вытянутое висячее озеро и развиты натечные формы кремового цвета (сталактиты, сталагмиты, колонны, драпировки). Дно озера устлано сетью остроконечных кристаллов кальцита.